El Club de Fútbol Sant Rafel fue fundado en 1948 en el municipio de Sant Antoni de Portmany (Ibiza).
El Club de Fútbol Sant Rafel en la temporada 2008/09 quedó campeón del Grupo de Ibiza-Formentera de Primera Regional Preferente, lo que le valió para disputar la promoción de ascenso a Tercera División en la que eliminó en la primera eliminatoria al Margaritense y donde cayó en la segunda y definitiva ante el Llosetense. Sin embargo, consiguió el ascenso al ser repescado tras los ascensos del Sporting Mahonés y Mallorca "B" a Segunda División "B".
Entre sus filas militó TONI ARABÍ, ex jugador en los clubes SD Portmany y SD Ibiza. Llegó al RCD Español en 1978, después de alcanzar con el equipo balear el ascenso a Segunda división B.
